Add missing hydrogen atoms, complete side chains, change protonation states. Simple and easy!
Add hydrogen atoms (pH 7), freeze rotatable bonds, get MMFF94S atom types and partial charges. Fast and automatic!
Consider cofactors and structural waters on virtual screening experiments with automatic MMFF94S parametrization.
Validate docking protocol with redocking experiments. We provide the RMSD between reference and docked poses.
Searching for binding sites? Perform blind docking on the entire protein and find cavities!
Perform large scale docking experiments exploring multiple binding modes. Dock them all!
Investigate different binding modes and predict binding affinities. Visualize predicted complexes with JSMol.
Run virtual screening experiments at Santos Dumont supercomputer, located at LNCC, Petrópolis - Brazil.
Residue index | Residue number | Protonation state | |
---|---|---|---|
{{indexKey}} | {{indexValue.state.index}} |
-
|
* This area is just avaliable with 'pdb' files
* This area is just avaliable when working with one valid ligand (pdb, sdf or mol2)
X:
Y:
Z:
X:
Y:
Z:
Protein
Cofactors
Protein file:
Ligand and cofactor files:
Docking parameters and submission:
Dr.Sci. in Biophysics
Grupo de Modelagem Molecular de Sistemas Biológicos
Laboratório Nacional de Computação Científica (LNCC-MCTIC)
E-mail: dardenne@lncc.br
D.Sc. in Civil Engineering
Grupo de Metaheurísticas Inspiradas na Natureza e Aplicações
Laboratório Nacional de Computação Científica (LNCC-MCTIC)
E-mail: hcbm@lncc.br
D.Sc. in Computational Modelling
Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro (UFRRJ)
E-mail: camila.mag@gmail.com
D.Sc. Student in Biotecnology
Universidade Federal do Pará (UFPA)
E-mail: diogo.marinho@gmail.com
D.Sc. in Computational Modelling
Grupo de Metaheurísticas Inspiradas na Natureza e Aplicações
Fundação Oswaldo Cruz (Fiocruz)
E-mail: eduardo.krempser@fiocruz.br
Dr.Sci. in Computational Modeling
Grupo de Modelagem Molecular de Sistemas Biológicos
Laboratório Nacional de Computação Científica (LNCC-MCTIC)
E-mail: flc@lncc.br
D.Sc. in Computational Modelling
Grupo de Modelagem Molecular de Sistemas Biológicos
Laboratório Nacional de Computação Científica (LNCC-MCTIC)
E-mail: isabella@lncc.br
Dr.Sc. in Computer Science
Laboratório Nacional de Computação Científica (LNCC-MCTIC)
E-mail: atagomes@lncc.br
M.Sc. in Computer Science
Laboratório Nacional de Computação Científica (LNCC-MCTIC)
E-mail: malinoski.iuri@gmail.com
LinkedIn: https://br.linkedin.com/in/malinoski-iuri
Lattes: http://lattes.cnpq.br/9139006650391608
Technologist in Information and Communication Technology
Laboratório Nacional de Computação Científica (LNCC-MCTIC)
E-mail: galheigo@lncc.br
M.Sc. in Computational Modelling
Laboratório Nacional de Computação Científica (LNCC-MCTIC)
E-mail: vivian@lncc.br
Version 2.0 . Copyright © GMMSB 2019. All Rights Reserved.